Если товара нет - вы просто удаляете товар из заказа. (Товар появится в корзине у клиента)
Вы пишите к комментариях к заказу: товар с артикулом "XXX-YYY-ZZZ" удалён из заказа. Деньги по этому товару возвращены на ваш баланс. Пожалуйста создайте замену для него в новом заказе.
Зачисляете деньги на баланс клиенту
В следующих заказах вы можете просто писать "Товар удалён" - клиент уже всё поймёт